I have trouble waking up in the morning.

I have trouble getting up in the morning.
寝起きが悪い。

I have trouble waking up in the morning.
朝起きるのがまるで駄目なんだ。

I have trouble with spoken English.
私は英語が聞き取りにくいです。
私は英語の聞き取りが苦手です。

I'm having trouble finding a logical counterargument.
理論的な反論を見つけるのに苦労しているんです。

I'm having trouble grasping the main point you want to convey.
あなたの伝えたいことの要点がつかめません。