I really didn't know what to do.

You should know what to do when accidents happen.
事故が起こったときにどうすべきか、知っておく必要があります。

accustomed to being told what to do
《be ～》何をすべきか言われる［教えられる・指図される］ことに慣れている

at a loss for what to do next
次に［これから］どうすればいいのか途方に暮れて

develop a plan for what to do
何をすべきか計画を練る

follow someone's counsel on what to do about
～の件について（人）の助言に従う

have no idea of what to do for one's next move
次に打つ手をどうしたらよいのか全く分からない

I really didn't know what to do.
私は本当に何をすればよいのか分かりませんでした。

I really don't know what to do.
どうしたらいいのか本当に分からないの。 

I'm not exactly sure what to do, but I'll play it by ear until I am really stuck.
どうしたらよいかよく分からないが、本当に行き詰まるまでは臨機応変にやろう。